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Les poissons et fruits de mer (crustacés, mollusques …), qui constituent une part importante de l’alimentation protéinée au niveau européen, peuvent être infectés par des nombreux parasites. Des conséquences importantes sont donc présentes au niveau de la qualité des produits, de la sécurité alimentaire et de l’économie de la filière.
De multiples maladies chez l’homme ont été également constatées. Ces parasites zoonotiques (parasites capables d’infecter à la fois l’être humain et un animal) appartiennent à différents taxons, dont les principaux sont les Nématodes, les Trématodes et les Cestodes. Ils infectent les organismes sauvages, mais aussi d’élevages dans certains cas.
Un parasite (de poissons et/ou des produits de la mer) est un organisme eucaryote (protozoaire, ver — nématode, trématode, cestode — ou ectoparasite comme certains crustacés) qui vit sur ou dans un poisson et/ou un invertébré marin, en tire des ressources et lèse l’hôte (EFSA Panel, 2010). En sécurité des aliments, on vise surtout les stades larvaires zoonotiques présents dans les chairs ou viscères (notamment Anisakidae, Diphyllobothriidae, Heterophyidae/Opisthorchiidae).
Les parasites des poissons (osseux et cartilagineux) et des invertébrés aquatiques se répartissent selon 6 grandes classes :
Tout d’abord les Helminthes, qui regroupent les Nématodes, Trématodes, Monogènes et Cestodes.
-> Les Nématodes sont en grande partie composés d’Anisakis et d’Hysterothylacium. Ceux-ci sont prévalant en milieu marin, chez les poissons d’eau douce et également chez certains invertébrés aquatiques. L’Anisakis est notablement connu pour causer l’anisakiose (ou appelée encore anisakiase). Chez l’humain, les Anisakidae (surtout Anisakis) se contractent en mangeant du poisson ou des céphalopodes crus/peu cuits ; une seule larve peut déclencher en quelques heures des douleurs épigastriques, nausées, vomissements, parfois granulome éosinophile et occlusion. Le point critique est l’allergie : après sensibilisation, des réactions peuvent survenir même sur du produit cuit ou congelé, car les allergènes (toxines) d’Anisakis sont thermo- et cryo-résistants. Les tableaux possibles sont l’urticaire, l’angiœdème, atteintes respiratoires, jusqu’au choc anaphylactique. La cuisson ≥ 60 °C ou la congélation réglementaire tuent les larves mais n’annulent pas le risque allergique. Pour les sujets sensibilisés, la seule stratégie réellement sûre est l’éviction des produits en cause (les expositions professionnelles peuvent aussi déclencher des symptômes cutanéo-respiratoires). L’anisakiose est une question majeure de sécurité alimentaire (Bao et al., 2019 ; Saadi et al., 2020 ; Di Azevedo & Iñiguez, 2018).
-> Les Trématodes, avec Cryptocotyle spp., causent la maladie des points noirs avec des prévalences variables selon les régions. L’impact sur l’humain reste encore inconnu à ce jour (Duflot et al., 2023).
-> Les Monogènes sont des vers plats infectant les poissons et amphibiens au niveau des branchies, cavité buccale, nasale et de la peau. Ils sont extrêmement spécialisés à leurs hôtes aquatiques (espèces dépendantes à une ou quelques espèces). En conséquence, aucun cas d’infection chez l’homme n’a été relevé à ce jour.
-> Les Cestodes (vers plats comme le Ténia) infectent de très nombreux poissons mais aussi des fruits de mer, même si les invertébrés ne sont pas des hôtes habituels (Scholtz et al., 2016 & 2021). L’infection humaine la plus répandue liée aux Cestodes est la diphyllobothriose. On estime à 20 millions de personnes infectées dans le monde, dont surtout en Europe du Nord, Russie, Japon, Amérique du Sud où le poisson cru est largement consommé. Les symptômes fréquents sont pour la plupart des infections asymptomatiques ou provoquent des troubles digestifs modérés (douleurs abdominales, diarrhée, nausées, perte de poids). Mais des complications sont possibles avec dans certains cas, une carence en vitamine B12, menant à une anémie mégaloblastique, surtout lors d’infections prolongées par Diphyllobothrium latum. Enfin, dans de rares cas, d’autres espèces (ex. Spirometra) peuvent causer la sparganose, une maladie plus grave et potentiellement mortelle, mais celle-ci est rare et liée à la consommation d’eau ou de chair de grenouille/crustacé contaminée.
qui comprennent en majorité Corynosoma, Neoechinorhynchus et Tenuisentis, infectent les intestins, causant des dommages tissulaires et quelques fois des infections zooniques (Sasaki et al., 2019 ; Matos et al., 2017 ; Akinsanya et al., 2020).
sont des parasites microscopiques appartenant aux Cnidaires, dans lequel on retrouve les espèces Kudoa thyrsites et K. encrasicoli qui causent une liquéfaction post-mortem des muscles (“chaire molle”), induisant une perte économique due à baisse de la qualité du produit (Giulietti et al., 2023 & 2024). Néanmoins, à ce jour aucune preuve n’est établie sur un potentiel risque d’infection chez l’homme. En effet, ceux-ci sont strictement adapté à leur hôte aquatique (Holzer et al., 2021).
C’est le cas des poux de mer (Lepeophtheirus salmonis), des isopodes (Ceratothoa spp.) et des copépodes, endommageant les branchies, la peau et les muscles, facilitant ainsi secondairement des infections. Ce type de parasite impactent principalement les poissons d’aquaculture (Llewellyn et al., 2017 ; May-Tec et al., 2022 ; Kawanishi et al., 2019 ; Esmaeili et al., 2021). Aucune conséquence sur l’homme n’a été constatée, ni même des virus et bactéries véhiculés par ces crustacés entre poissons.
Certains sont pathogènes pour les poissons (Ichthyophthirius, Trichodina, Chilodonella, Myxobolus, et divers flagellés), d’autres pour les bivalves (Perkinsus spp.) et des protozoaires zoonotiques par contamination environnementale (par mécanisme de bioaccumulation). Les principaux protozoaires préoccupants pour l’humain en lien avec la consommation de poissons et de fruits de mer sont Cryptosporidium spp., Giardia duodenalis et Toxoplasma gondii. Ces protozoaires zoonotiques peuvent contaminer les milieux aquatiques via les eaux usées et se retrouver dans les poissons et les coquillages, notamment les bivalves, qui les accumulent par filtration. Cependant, les poissons ne sont généralement pas des hôtes naturels de ces parasites : ils agissent surtout comme transporteurs mécaniques, accumulant les protozoaires sans qu’il y ait développement ou cycle parasitaire complet dans leur organisme. La consommation de poissons ou de fruits de mer crus ou insuffisamment cuits, provenant d’eaux contaminées, peut donc exposer l’humain à ces protozoaires, surtout dans les régions où la pollution fécale est importante. Les infections à Cryptosporidium, Giardia ou Toxoplasma peuvent provoquer des troubles digestifs parfois sévères, en particulier chez les personnes immunodéprimées. Toutefois, le risque réel pour le consommateur dépend de la viabilité des parasites présents dans les produits de la mer, et il reste difficile à quantifier précisément. En résumé, la contamination des poissons et fruits de mer par des protozoaires zoonotiques représente un risque potentiel pour l’humain, mais ce risque est surtout lié à la contamination environnementale (notamment dans des élevages de poissons) et à la consommation de produits crus ou mal cuits (Scholz, 1999 ; Xu et al., 2012 ; Darabus et al., 2024).
Dans les produits de la mer, les cycles parasitaires obéissent à divers schémas écologiques bien établis selon les groupes taxonomiques
(Figure 1), au niveau de l’œuf se déroule les deux premiers stades de développement : L1 puis L2.
La larve L2 éclose est alors ingérée par un crustacé planctonique dans lequel elle se mue en L3 (stade infectant, premier stade tissulaire). Le crustacé pélagique sera prédaté par un poisson/calmar et à ce niveau, la L3 reste L3 (enkystée dans les viscères et potentiellement les muscles). Au sein de l’hôte définitif (mammifère marin), la larve d’Anisakidae mue en L4 puis au stade adulte pouvant se reproduire et pondre.
Figure 1. Cycle de vie des Anisakidae (Source : EFSA, 2010).
-> NB : Les hôtes intermédiaires de transport facilitent le passage d’un hôte à l’autre en favorisant la rencontre. Ils ne sont en aucun cas obligatoires pour le développement du parasite (contrairement aux hôtes intermédiaires).
passent par un copépode lors de la phase larvaire, dite procercoïde, puis par un poisson lors de sa phase mature, dite plérocercoïde, avec infection au niveau musculaire. Enfin la phase adulte du ténia, forme pathogène, se déroule dans un hôte piscivore (Homme possible) (Figure 2).
Figure 2. Cycle de développement des Cestodes (©CDC).
alternent comme hôte un gastéropode puis un poisson où la métacercaire s’enkyste (muscle/peau). Pour Paragonimus, il utilise un escargot aquatique puis un crabe/écrevisse avant d’atteindre le stade adulte pulmonaire. Les acanthocéphales forment un kystacanthe chez le poisson via un amphipode (atteinte humaine rare). Les Myxozoaires et microsporidies altèrent surtout la qualité des chairs (kystes, “chair molle”), sans zoonose alimentaire typique, et les ectoparasites (copépodes/isopodes) ne se transmettent pas à l’Homme. Enfin, les bivalves peuvent concentrer des oocystes de parasites terrestres (ex. Toxoplasma, Cryptosporidium) sans être eux-mêmes parasités.
Outre les différents risques sanitaires (connus ou potentiels) que peuvent poser les infections par les parasites des poissons consommés par les humains, ceux-ci impactent aussi la qualité marchande des produits. Les parasites comme Anisakis, Kudoa, ou d’autres nématodes et myxosporidies, provoquent des lésions visibles (points noirs, colorations, kystes, hématomes…), une altération de la chair (ramollissement, texture gélatineuse), une perte de poids et une mortalité accrue pour les poissons d’élevage (Golden et al., 2022 ; Ramos, 2020 ; Butt et al., 2004 ; Levsen et al., 2008). En théorie, toute présence visible de parasite dans un organisme, vivant ou mort, doit entraîner le retrait des lots infectés, impactant ainsi la rentabilité mais aussi la réputation du professionnel (Ramos, 2020 ; Lam et al., 2024).
Concernant les fruits de mer, ceux-ci peuvent héberger des nématodes (Anisakis), trématodes, cestodes, protozoaires (Kudoa, Cryptosporidium) et acanthocéphales (Williams et al., 2020 ; Suthar & Shamsi, 2021 ; Shamsi, 2019 ; Timi & Poulin, 2020). Le risque potentiel pour le consommateur est présent, même si celui-ci reste plus rare comparativement aux infections par ingestion de poissons : les infections humaines sont plus rares que pour les poissons, mais existent, surtout en cas de consommation crue ou peu cuite, provoquant troubles digestifs ou réactions allergiques (Williams et al., 2020; Suthar & Shamsi, 2021 ; Shamsi, 2019 ; Timi & Poulin, 2020). Les parasites vont principalement avoir un effet sur la texture de la chaire de l’invertébré, pouvant devenir gélatineuse ou présentant une perte de fermeté, rendant les produits invendables (Golden et al., 2022 ; Levsen et al., 2008 ; Shamsi, 2019). Les infestations peuvent entraîner des pertes importantes en aquaculture de crustacés et mollusques (Levsen et al., 2008).
D’une manière générale, il est observé une augmentation de la fréquence et du volume des parasite dans les espèces commerciales. Différents facteurs peuvent expliquer en partie cette tendance. La pollution et stress environnemental augmentent la vulnérabilité des poissons et fruits de mer aux parasites. Les parasites jouent aussi un rôle écologique, à savoir la participation à la régulation des populations des écosystèmes aquatiques (Golden et al., 2022 ; Suthar & Shamsi, 2021). Une déstructuration de écosystèmes pourrait engendrer une recrudescence des différentes de parasites. C’est dans cette optique que les parasites peuvent aussi servir de bioindicateurs de la qualité de l’eau (Williams et al., 2020 ; Shamsi, 2020 ; Adams et al., 1997 ; Ramilo et al., 2024 ; Levsen et al., 2008 ; Biswas et al., 2023).
Selon les zones géographiques, des disparités de concentration de parasites peuvent s’observer, ainsi que dans la composition spécifique. Un lien avec l’élevage de poissons et la pêche peut intervenir dans le cycle de reproduction et diffusion de ceux-ci, mais sans que cela ne soit systématiquement corrélé.
En effet, il a été analysé que les systèmes fermés (Système d’Aquaculture à Recirculation RAS, bassins à terre) coupent la plupart des cycles parasitaires. Les parasites n’ont pas accès aux hôtes intermédiaires, ni aux mammifères marins, ce qui rend le risque de zoonoses extrêmement faible par nématodes marins notamment. L’EFSA (2024) conclut qu’il n’y a pas d’évidence d’infections par parasites zoonotiques dans le saumon atlantique commercial (marché européen), tout en rappelant que les systèmes ouverts peuvent exposer aux parasites
Du fait de leurs configurations, les systèmes ouverts (cages en mer, étangs à écoulement libre) permettent des échanges permanents avec l’environnement, permettant la libre circulation des parasites et pathogènes (ex. poux de mer) et l’exposition possible aux zoonoses selon l’espèce, l’aire et les pratiques d’alimentation. Les poissons prédateurs nourris avec du poisson frais est plus susceptible d’être parasité que d’autres nourris au granulé et avec des protéines végétales. Mather et al., 2024 ont mesuré de forts échanges de parasitisme, virus et bactéries entre ce type d’élevage et l’environnement en comparaison des RAS en prenant le saumon pacifique de Colombie Britannique comme sujet d’étude. Depuis lors, cette région de l’ouest canadien s’est engagée de manière progressive à interdire l’élevage en filet ouvert pour tendre vers les systèmes fermés et à RAS d’ici 2029.
Enfin, la surpêche modifie la densité d’hôtes et la structure du réseau trophique : les parasites à transmission trophique (cestodes/trématodes, nématodes qui changent d’hôte via la prédation) tendent à diminuer quand la pêche simplifie la chaîne alimentaire et raréfie les hôtes-proies clés ; alors que certains parasites à transmission directe peuvent augmenter si des hôtes opportunistes deviennent plus denses après exploitation (Wood et al., 2014). En conséquence, la pratique de la pêche peut réduire certains parasites mais pas tous, et ne constitue pas un levier fiable de santé publique (effets taxon- et contexte-dépendants).
Nous avons évoqué précédemment que les mammifères marins étaient une partie intégrante du cycle de vie d’une grande partie des parasites marins. Les cétacés et pinnipèdes (phoques, otaries etc.) sont des hôtes définitifs d’Anisakis en particulier et leur restauration en termes de nombre d’individus et de répartition dans de nombreuses régions s’accompagne d’une hausse des larves L3 chez les poissons. Une méta-analyse (1978–2015) montre une augmentation de 283 fois de l’abondance d’Anisakis dans les poissons et invertébrés marins, en revanche, sans changement pour Pseudoterranova (Fiorenza et al., 2020). Des données régionales récentes (Atlantique Nord-est, Pacifique Nord-Est) confirment des pics puis des déclins locaux et une forte variabilité selon les espèces et aires géographiques, cohérente avec les fluctuations de populations de mammifères marins dans les réseaux trophiques. (Diez et al., 2024).
Le réchauffement climatique a une incidence de plus en plus notable sur la répartition des espèces de poissons marins, mais également accélère le développement et l’expansion géographique des parasites, rendant certaines zones plus à risques (Golden et al., 2022 ;Butt et al., 2004 ; Lam et al., 2024 ; Timi & Poulin, 2020). Cela favorise également l’apparition de nouveaux parasites ou leur introduction dans de nouvelles régions (Golden et al., 2022 ; Shamsi, 2020; Suthar & Shamsi, 2021 ; Vollset et al., 2016).
L’ensemble des études citées a clairement démontré l’absence d’espèces aquatiques totalement vierges de tout parasite et toxine. Néanmoins, certaines espèces et populations de poissons sont plus sujets que d’autres à en être porteur. Pour pallier cela, différentes pratiques de prévention et de détection doivent être appliquées, dont la cuisson complète (≥ 60 °C à c cœur) et la congélation à -20°C pendant au moins 24h (attention : l’efficacité dépend du temps et de l’épaisseur) sont efficaces pour tuer la plupart des parasites, aussi bien dans les poissons que dans les fruits de mer (Golden et al., 2022 ; Williams et al., 2020 ; Adams et al., 1997 ; Lam et al., 2024).
Le contrôle et détection par des techniques modernes (imagerie hyperspectrale, PCR, inspection visuelle) améliorent la détection des parasites dans les produits de la mer (Syed et al., 2024 ; Ramos, 2020).
L’ANSES conseille une éviscération dès la capture, ou le plus rapidement possible après la capture pour limiter la migration des parasites des viscères vers la chair (Nonkovic et al., 2025).
Le respect des bonnes pratiques est un critère un facteur peu couteux mais important, avec notamment le respect de la chaîne du froid : La « virulence » intrinsèque du parasite ne change pas avec la chaîne du froid. Ce que la température modifie, c’est surtout la viabilité et la migration post-mortem des larves vers le muscle (la partie que l’on mange). Garder le poisson ≤ 2 °C limite nettement cette migration ; des températures plus élevées et le temps favorisent l’arrivée d’Anisakis dans la chair. La saumure/marinade ne suffit pas non plus (survie rapportée de 28 jours en saumure à 21 %). Il est aussi important de privilégier les produits issus d’élevages contrôlés (en RAS par ex.), de former le personnel à l’identification des parasites et enfin d’informer les clients sur les risques liés à la consommation de produits crus ou peu cuits (Williams et al., 2020 ; Adams et al., 1997 ; Lam et al., 2008 & 2024).
La réglementation, par les systèmes HACCP et les contrôles sanitaires reste bien sûr essentielle pour limiter les risques, mais la surveillance des parasites dans les fruits de mer reste souvent insuffisante et potentiellement impactante du fait de la méconnaissance des professionnels et des consommateurs sur les risques encourus à la consommation de fruits de mer crus (Williams et al., 2020 ; Adams et al., 1997 ; Levsen et al., 2008).
Enfin, quelle que soit la méthode d’inactivation des parasites utilisée (la cuisson ou la congélation réglementaire inactivent les larves viables L3), les toxines restent présentes dans les muscles de l’animal. L’allergie à l’Anisakis par exemple, peut persister malgré ces traitements.
Finalement, la croyance communément admise qu’on devient allergique à l’huître, au saumon ou tout autre produit de la mer par trop grande consommation ou produit « non frais », pourrait être en partie dû à une allergie aux toxines des parasites avec un effet seuil (on peut prendre comme image la goutte d’eau qui fait déborder le seau). Nombre de consommateurs après une longue période d’éviction peuvent reconsommer ces produits sans effets allergiques. Ce type de symptômes allergiques passerait « sous le radar » des autorités sanitaires, car peu de praticiens pensent au parasitisme, et souvent seuls les cas d’Anisakiose avec occlusion sont relevés en milieu hospitalier la plupart du temps, car exceptionnel.
Les parasites représentent un défi croissant pour la filière du fait des changements globaux. La vigilance, la formation, l’adoption de bonnes pratiques et la consommation adéquate sont essentielles pour garantir la qualité, la sécurité et la rentabilité des produits, tout en protégeant la santé des consommateurs.